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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
09/09/2014 |
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Data da última atualização: |
23/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GAZAFFI, R.; MARGARIDO, G. R. A.; PASTINA, M. M.; MOLLINARI, M.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
MARIA MARTA PASTINA, CNPMS. |
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Título: |
A model for quantitative trait loci mapping. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 10, p. 791-801, 2014. |
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DOI: |
10.1007/s11295-013-0664-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Quantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping. |
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Palavras-Chave: |
Arquitetura genética. |
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Thesagro: |
Genética; Progênie. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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005 2017-05-23
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520 $aQuantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping.
650 $aGenética
650 $aProgênie
653 $aArquitetura genética
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700 1 $aMOLLINARI, M.
700 1 $aGARCIA, A. A. F.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
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Status |
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| Registros recuperados : 23 | |
| 1. |  | MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 505-512, abr. 2008 Título em inglês: Comparison of algorithms rapid chain delineation and seriation, for the construction of genetic linkage maps.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 4. | | OLIVEIRA, J. C. de; FORMIGHIERI, E. F.; GARCIA, A. L. B.; MARGARIDO, G. R. A.; CAMPOS, T. de. Caracterização funcional do transcriptoma de amendoim forrageiro. In: SEMINÁRIO DA EMBRAPA ACRE DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 5., 2022, Rio Branco, AC. O papel da tecnologia agrícola na segurança alimentar: anais. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2023. p. 129-133. Pôster. (Embrapa Acre. Eventos técnicos & científicos, 5). Editores técnicos: Rodrigo Souza Santos; Fabiano Marçal Estanislau.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 6. | | SOUZA, A. P. de; OLIVEIRA, F. A.; VIGNA, B. B. Z.; MARGARIDO, G. R. A.; HOHENLOHE, P. A. Genome-wide polymorphisms in polyploids Paspalum species from Plicatula group. In: INTERNATIONAL FORAGE TURF BREEDING CONFERENCE, 2019, Lake Buena Vista, Florida. Proceedings... Lake Buena Vista, Florida: University of Florida, 2019. p.15| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | ROSÁRIO, M. F.; MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. F. Precision of distances and ordering of microsatellite markers in consensus linkage maps of chromosomes 1,3 and 4 from two reciprocal chicken populations using bootstrap sampling. Genetics and Molecular Research, v. 9, n. 3, p. 1357-1376, 2010. Disponível em: . Acesso em: 18 fev 2011. Projeto/Plano de Ação: 02.09.70.600-01.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 8. | | ROSÁRIO, M. F.; MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; GARCIA, A. A. F.; COUTINHO, L. L. Precision of distances and orders of microsatellite markers in a genetic linkege map of chromosome 1 using bootstrap resampling. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 9. 2010, Leipzig. Abstracts. Leipzig: Gesellschaft fur Tierzuchtwissenschaften, 2010. p.316 Projeto: 01.06.01.006| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 9. | | ROSÁRIO, M. F.; MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; NONES, K.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. F. Mapa consenso brasileiro do cromossomo 1 oriundo de cruzamentos recíprocos entre linhagens de corte e postura. In: CONFERÊNCIA FACTA DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA AVÍCOLAS, 27., 2009, Porto Alegre. Anais [dos] trabalhos de pesquisa José Maria Lamas de Silva. [Campinas]: FACTA, 2009. Projeto/Plano de Ação: 01.02.10.210-10. Publicado em CD-ROM (CD00156).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 10. | | ROSÁRIO, M. F.; MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T.; GARCIA, A. A. F.; COUTINHO, L. L. Mapa consenso brasileiro do cromossomo 4 da galinha associado a intervalos de confiança de distâncias e ordens de locos microssatélites In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55, 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia:SBG, 2009. p. 153. Projeto/Plano de Ação: 01.06.106.03-05| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 12. | | COUTINHO, L. L.; MOROSINI, N. S.; CESAR, A. S. M.; POLETI, M. D.; REGITANO, L. C. de A.; MARGARIDO, G. R. A. Identification and characterization of euchromatic regions associated with gene expression and intramuscular fat in Nelore cattle. Journal of Animal Science, v. 96, suppl. S3, p. 233-234, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 14. | | OLIVEIRA, A. A. de; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARÃES, C. T.; GUIMARAES, P. E. de O.; PINTO, M. de O.; PASTINA, M. M.; MARGARIDO, G. R. A. Single nucleotide polymorphism calling and imputation strategies for cost-effective genotyping in a tropical maize breeding program. Crop Science, v. 60, n. 6, p. 3066-3082, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 15. | | KRAUSE, M. D.; DIAS, K. O. das G.; SANTOS, J. P. R. dos; OLIVEIRA, A. A. de; GUIMARAES, L. J. M.; PASTINA, M. M.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. Boosting predictive ability of tropical maize hybrids via genotype-by-environment interaction under multivariate GBLUP models. Crop Science, v. 60, n. 6, p. 3049-3065, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 16. | | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; PETRINI, J.; MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURÃO, G. B.; GARRICK, D.; COUTINHO, L. L. A missense mutation in the MYBPH gene is associated with abdominal fat traits in meat-type chickens. Frontiers in Genetics, v. 12, n. 698163, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 17. | | OLIVEIRA, E. J. de; GARCIA, A. A. F.; MUNHOZ, C. de F.; MARGARIDO, G. R. A.; CONSOLI, L.; MATTA, F. de P.; MORAES, M. C. de; ZUCCHI, M. I.; FUNGARO, M. H. P.; VIEIRA, M. L. C. Integração de mapas genético-moleculares de maracujá-amarelo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. São Lourenço:[s.n.], 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 18. | | OLIVEIRA, E. J.; VIEIRA, M. L. C.; GARCIA, A. A. F.; MUNHOZ, C. F.; MARGARIDO, G. R. A.; CONSOLI, L.; MATTA, F. P.; MORAES, M. C.; ZUCCHI, M. I.; FUNGARO, M. H. P. An integrated molecular map yellow passion fruit based on simultaneous maximum-likelihood estimation of linkage and linkage phases. Journal of the American Society Horticultural Science, Mount Vernon, v. 133, n. 1, p. 35-41, jan. 2008. il.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 19. | | OLIVEIRA, A. A. de; PASTINA, M. M.; SOUZA, V. F. de; PARRELLA, R. A. da C.; NODA, R. W.; SIMEONE, M. L. F.; SCHAFFERT, R. E.; MAGALHAES, J. V. de; DAMASCENO, C. M. B.; MARGARIDO, G. R. A. Genomic prediction applied to high-biomass sorghum for bioenergy production. Molecular Breeding, v. 38, n. 49, p. 1-16, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 20. | | OLIVEIRA, A. A. de; RESENDE JÚNIOR, M. F. R.; FERRÃO, L. F. V.; AMADEU, R. R.; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARÃES, C. T.; PASTINA, M. M.; MARGARIDO, G. R. A. Genomic prediction applied to multiple traits and environments in second season maize hybrids. Heredity, v. 125, n. 1/2, p. 60-72, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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